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目前，我國環保產業稅收優惠政策已涵蓋設備制造、資源綜合利用和環境服務等多環節，但鼓勵環保企業做大做強的稅收優惠政策還有不足。
生態環境部環境規劃院環境PPP中心依托國家重點研發計劃專項——大氣環保產業園創新創業政策機制試點研究，認為稅收優惠政策對生態環境治理與環保產業的發展至關重要。建議在我國大力推進生態文明建設，全面加強生態環境保護的時代背景下，研究建立適應我國國情的環境保護稅收政策體系，并納入環保產業稅收優惠政策。根據我國生態保護與環境治理需求、社會經濟發展狀況等，針對突出問題，把握關鍵環節，統籌規劃，系統設計，鼓勵環保企業不斷加大環保技術研發投入、增加環保設施投資、提高運營服務水平，推動環保產業高質量發展。
完善規章制度
補齊優惠政策短板
完善環保技術研發與成果轉化稅收優惠政策，鼓勵企業做大做強
環保產業的稅收優惠制度還不盡完善，應完善規章制度，補齊環保產業稅收優惠的短板。
第一，完善環保技術研發與成果轉化稅收優惠政策，鼓勵企業做大做強。探索試行技術研發準備金制度，企業每年可按其收入總額的3%~5%提取環保研發準備金，并在3年內專項用于環保技術研發、技術革新、技術改造、成果轉化及引進中研究試驗所用的設備投資可以獲得稅前扣除或者快速折舊的優惠待遇。
第二，加強推動環保設施改造與更新的稅收優惠政策制定。研究設置企業購置并實際使用的環保專用設備實行加速折舊政策，對有關環境保護、節能、節水等方面的專用設備，如防治污染的設備和設施、特定基礎材料、廢棄物再生處理用設備等，允許加速折舊。另外，實行再投資退稅政策，對企業用稅后利潤再投資于環保專用設備的，給予一定比例的退稅支持。
第三，調整現有稅收優惠政策的適用條件。建議擴大增值稅即征即退范圍，將可回收利用的工業和危險廢棄物納入增值稅稅收優惠范圍。資源綜合利用企業內部循環利用資源取得的內部收入享受減計收入的稅收優惠政策。
加大優惠力度
發揮調節作用
對于污水、垃圾、污泥處理處置勞務免征增值稅；提高企業環保技術研發費用的稅前加計扣除標準等
第一，在增值稅方面，考慮到行業的公益屬性，應予以污水、垃圾、污泥處理處置勞務免征增值稅的優惠政策。
第二，在企業所得稅方面，提高企業環保技術研發費用的稅前加計扣除標準，對企業研發的具有國際領先水平的節能環保技術或設備發生的研發費用，加計扣除比例提高到100%；適當延長免稅減稅期的期限，根據企業的實際經營情況來確定免稅減稅期的起止時間。
第三，在土地使用稅和房產稅方面，對用于污水處理用的房產稅和城鎮土地使用稅，比照由國家財政部門撥付事業經費的單位的房產稅和土地使用稅的政策予以免征。
強化落地執行
保障政策實施效果
強化“目錄”制修訂；建立動態的稅收優惠政策評估與管理機制等
第一，強化“目錄”的制定和修訂。有關部門應根據國家生態環境治理和產業結構調整需求、技術進步和產業發展情況及時更新《環境保護專用設備企業所得稅優惠目錄》《節能節水專用設備企業所得稅優惠目錄》和《資源綜合利用產品和勞務增值稅優惠目錄》等，同時進一步明確環境保護、節能節水等設備、資源綜合利用產品和勞務范疇，逐步完善認定方法，使企業能清晰、便利地享受到政策優惠。
第二，建立動態的稅收優惠政策評估與管理機制。財政稅務部門要與市場監督管理部門、金融部門、生態環境部門、科技部門協調配合，定期調研稅收優惠實施效果，對于實踐中出現的問題要及時匯總和反饋，為政策的調整與優化奠定基礎。同時借鑒國內外經驗，制定出一個科學的指標體系，開展稅收優惠政策績效評價工作，對其社會效益做出合理評估。對于成本遠遠大于收益、作用微弱的稅收優惠政策要及時廢止和清理，避免違背市場規律，影響公平競爭。
第三，提升稅務部門服務能力與效率。加快稅收信息化建設步伐，盡早實現稅務服務無紙化。優化增值稅即征即退、專用設備所得稅減免稅收優惠政策的辦理程序。加強環保企業稅收優惠政策的宣傳與指導，制定環保產業稅收優惠政策匯編與操作指南。
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